La compleja situación de conflicto armado, emergencia humanitaria y debilidad de la capacidad estatal, se expresa en limitaciones recurrentes para el goce efectivo de los derechos a la vida, salud, alimentación, educación, justicia y vivienda digna, elementos clave para la calidad de vida de los habitantes de Colombia.
Para la Defensoría del Pueblo estos hechos elevaron la demanda de servicios especializados, llegándose a experimentar falta de personal para hacerles frente. En su inicio, en la década del noventa, la Defensoría contaba con una pequeña estructura nacional orientada a los grandes procesos de planeación como la formulación de lineamientos misionales y de asesoría al despacho del Defensor del Pueblo, así como diversos servicios al ciudadano en materia de promoción, ejercicio, divulgación y prevención de derechos humanos.
Entre sus principales acciones operativas, también figuraba la atención y trámites de quejas, impulso de acciones judiciales como mecanismo de defensa a la violación de Derechos Humanos y el servicio de defensoría pública, sobre todo en las capitales de departamento donde se tenía presencia a través de las defensorías regionales del Pueblo o bien oficinas desconcentradas.
En esta década el desplazamiento forzado fue declarado un problema estructural del país, expresándose en la declaratoria del Estado de cosas inconstitucional de la Corte Constitucional, Sentencia T-025 de 2004. La suma de estos hechos llevó a un ajuste estructural de la Defensoría del Pueblo incorporándose nuevas estrategia de atención en las zonas de conflicto para lo que se acudió a la cooperación internacional siendo determinante el apoyo de la oficina del Alto Comisionado de las Naciones Unidas para los Refugiados (Acnur), la Agencia Sueca de Cooperación Internacional para el Desarrollo (ASDI) y la Agencia de los Estados Unidos para el Desarrollo Internacional (USAID por sus siglas en inglés).
Con el propósito de implementar una estrategia para la atención coordinada en cada región y el fortalecimiento de la eficacia de las defensorías regionales del pueblo, a partir de2007 las figuras del defensor comunitario, asesor de desplazamiento, asesor de formación y Casa de los Derechos, se articulan en una estrategia de intervención conjunta y de fortalecimiento institucional denominada Programa Regionalizado para la Protección y Restitución de Derechos.
